这项研究里,作者以肝细胞癌(HCC)作为研究对象,探讨了m6A相关基因在HCC中的基因特征,以及这些特征对HCC患者的临床表现和预后的预测价值。 1. m6A相关基因的特征分析首先作者在TIMER数据库中查看了16个m6A相关基因在各种癌症中的表达情况,发现m6A相关基因存在较为普遍的表达失调。与对照样本相比,多数m6A相关基因在50个TCGA-LIHC 样本中显著上调(笔者旁白:不要盲目做事情哈,至少先做个预分析看一下整个项目的可能性吧,毕竟靶子数量有限,还是存在打空的可能的)。随后在cBioportal for Cancer Genomics 数据库中查看了m6A相关基因的突变情况,发现m6A相关基因更倾向于扩增及缺失类突变。
HCC中 METTL3 的突变、CNV和甲基化分析 5. METTL3的ceRNA调控网络机制分析基于TCGA和cBioportal for Cancer Genomics数据库中360个HCC 样本及50个正常样本的lncRNA及miRNA数据,鉴定了与METTL3表达相关的393个上调基因及59个下调基因,并构建了包含8个lncRNA、6个miRNA、10个mRNA的ceRNA调控网络,用来解释HCC中METTL3高表达的潜在调控机制。